Ya con la imagen que subiste la cosa está clara, u oscura a decir verdad

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La foto está muy subexpuesta, porque en el modo manual sos vos quien debe ajstar el
ISO, la
velocidad y la
apertura de diafragma simultáneamente para que la imagen tenga la exposición adecuada. En los modos automáticos y semi automáticos la cámara ajusta por lo menos uno de los parámetros para adecuar la exposición.
La cosa es simple:
hay que darle algo de bola al fotómetro

Se presiona el disparador hasta la mitad y vemos el indicador, si la rayita se va para la izquierda la toma estará sub expuesta, si va para el +2 de la derecha estará sobre expuesta y en el 0, como muestra la imágen, la exposición será la correcta (según el fotómetro, claro).
Si por ejemplo el indicador nos avisa que la imagen va a quedar sub expuesta podemos:
1) Subir el ISO.
2) Abrir más el diafragma.
3) Reducir la velocidad de disparo.
4) Hacer un poco de cada una de las tres alternativas anteriores.
Se tocan los parámetros hasta que el indicador se sitúe en 0 y ahí se dispara.
Lo que te pasaba antes es que
de casualidad los ajustes que tenías en manual daban algo decente. Probá un rato con diferentes combinaciones de ajustes para encontrar que te resulta más cómodo y adecuado para la estética de la foto.
Espero que se entienda la explicación.
Saludos.